他的1990年代日记及诸多文章中，多有提及清华，1999年，为了发表一篇有关反思五四的文章，他向报社一位负责人据理力争时，又提到了立在清华大学校门内的那块碑铭，即“独立之精神，自由之思想”。1999年1月接受学者李辉采访时，王元化谈及基督教家庭对其影响时说：“如果基督教对我有什么影响，那恐怕就是《新约》中的基督教精神吧。直到今天，西方十九世纪文学仍是我最喜爱的读物。解放后，我没有在文章中谈到过苏联的作家和作品，因为引不起我的兴趣。”1980年代末、1990年代初，王元化编辑和出版了《新启蒙》和《学术集林》，前者代表了他在80年代倡导的新启蒙的学术与反思，后者体现了他的“学术的思想与思想的学术”的治学实践。原计划是每月出一册，但是由于出版发行方面的种种障碍，实际上每两个月出一册，其他三册分别是《危机与改革》、《论异化概念》、《庐山会议教训》。“我看到他那发窘的样子，心中不禁对他有些同情。”王元化说，“我相信马悦然的说法，中国作品能不能获奖，翻译是一个重要因素。但是每逢争论到情急的时候，就会出现以意气代替理性的慷慨陈词，所以他的多少含有善意的发言，被表示激愤的抗议声所淹没，最后只落得一个马悦然对中国有成见的坏名声。”知情者透露，最初的误会来自李慎之于外界所闻对王元化“官方学者”身份的不认可，对此前者在参加1994年于山东曲阜举行的“文学与儒学”研讨会上，还曾专门向胡晓明问及，胡做了澄清，回沪后向王元化做了沟通，“消除了误解”。此后二人还相互赠书。1月14日，朱学勤通过网络发表了近万言的回应文章《敬答元化先生书》，在为自己辩解的同时，一方面为师生之谊破裂深感痛心，另一方面为王、李二人的分歧公开化感到遗憾：“先生在网上发表的这篇长文，几乎是在向世人公布您和慎之划清界限！”2003年4月，李慎之在北京去世，王元化发唁电：“我和慎之虽然相识较晚，但从朋友那里听到他的为人和过去的遭遇，我对他是深感同情和尊重的。虽然我们在一些观点上（如对传统文化和“五四”运动）存在着分歧，但在总的方向和追求自由民主的立场上，是完全一致的。这两年来，我读过他发表的一些文章，曾与几位朋友谈过，我感到我们的观点渐渐趋向一致。我怀着期待，希望在更多问题上我们能够增进更深的了解。如今，噩耗传来，使我不禁感到茫然若失。我的年龄比他大，没有想到他竟会先我而去，我没有在他生前把我的一些想法向他倾吐，这是我深深引为遗憾的。关于我与慎之的关系，外界流传着一些不确切的说法，今天趁我对他的逝世表示哀痛的时候，我愿向朋友们作一内心告白。”“文革”以后，王元化在繁忙的行政事务之中仍笔耕不懈，发表了很多论文。；从1979到1990十年内初版和重版的著译有：《文心雕龙创作论》(1979年初版，1983年增补版)，《向着真实》(1982年重版）、《文学风格论》(译文集，1983年)、《王元化文学评论选》(1983年)，《文学沉思录》(1983年)、《传统与反传统》(1990年)、《思辨短简》（1990年)。其中《文学沉思录》一书收入了他在1979到1982年所写的大部份文字，他旗帜鲜明地抨击文艺理论中以引证代替论证的反科学倾向，以马克思主义为指导，从哲学的高度，对若干重大的理论问题进行了系统的探究，提出了富有独创性的见解，引起了很大的反响。如：把认识分为感性、知性、理性，明确指出知性的局限性，解释马克思所说的“从抽象上升到真体”即从知性到理性的飞跃(《论知性的分析方法》)。又把黑格尔《小逻辑》中普遍性——特殊性——个体性三范畴的理论应用於文学，从而深化了对形象思维(艺术思维)的认识。(《关于文艺理论的若干问题》)。以为形象思维和理论思维是两种不同的思维方式，应区分两种不同的表象：以思想形式出现的表象(科学的)和以感觉形式出现的表象(艺术的)，科学家从个别中抽象出一般，艺术家则是通过个别去体现一般。在艺术思维中，由个别到一般和由一般到个别这两个认识过程不是并列的，而是互相联结互相渗透的(《形象思维杂记集录》)。这些论文与他的《文心雕龙》研究有着密切联系，许多创见写入了《文心雕龙创作论》一书中。九十年代王元化对中国文艺思想的研究仍有发展，其代表作是关于《京剧与传统文化答问》(收入《清园近思录》，中国社科，1998)。这篇作品从美学角度对中西方戏剧、西方美学传统进行比较，作者从文化和美学上提出的一些观点，既在艺术经验上有深透的说解，又在文化和理论上有广泛的意义。王元化以晚年反思著称于学界。他说：“要不怕把思想，哪怕是自己最心爱的观念，放在理性的法庭上加以审判，重新估量它的价值，判定它是否应该继续存在下去，这才叫反思。”他还说：“儒家并不主张君主独裁，伍子胥反对平王并不被认为大逆不道即是一例。”“五四时代重法批儒不仅偏激，也可以说是错误的。”值得注意的是，这一番重要言论，是先生在听唱《文昭关》之余，借着评论伍子胥而生发出来的。不亦见微知著乎？先生还说：“伍子胥那个时代的人，都有一种重然诺轻生死的侠义气概，正如莎士比亚剧中常常提及的罗马人有一种壮烈精神一样。”不亦自身写照乎？第一，他认为，不应因袭过去陈说，将五四时期的文化简单看作是“文白之争”或“新旧之争”。因为这两个概念不能完整地规范五四文化的整体，它具有更深远更广阔的内容。近年来受到学术界重视的“自由之思想和独立之精神”，是五四文化思潮的一个重要特征。如果从这个方面去衡量五四时代的学人，过去惯用的文白界限和新旧界限就很不适用了。第三，他认为，五四时期的思想成就主要在个性解放方面，这是一个“人的觉醒”的时代。长期以来，我国儒家传统向轻个性。五四掀起了波澜壮阔的个性解放运动，在这方面所取得的成果是值得我们近代思想史上大书特书的。王元化认为，在回顾对二十世纪文化思潮发生巨大作用的五四新文化运动时，今天已经到了可以对它们作出清醒的再认识、再评价的时候了。有学术的思想，有思想的学术。曾国藩深于宦术，兼综儒法，以黄老之术行道，善用其刚，而以柔全之。他在排挤倾轧的宦海中，因势利导，左右逢源，以至功成名就善始善终，这不得不归功于他的老练持重，所以人称他有沉鸷之才。后世统治者佩服曾国藩，大抵是由于他把刚柔相济运用得十分贴切恰当的缘故。……势危急。时李肃毅（鸿章）已回江西寓所，幕府仅一程尚斋，奄奄无气。时对予曰：“死在一堆如何？”众委员亦将行李置舟中，为逃避计。文正（国藩）一日忽传令曰：“贼势如此，有欲暂归者，支给三月薪水，事平仍来营，吾不介意。”众闻之感且愧，人心遂固。这里所用擒纵之术与“挺经”契，虽柔实刚，较之那种缚而饲之的用人之法确要高明多了。于是乃有乐籍之设，以钳塞天下游士，“使之耗其资财，则谋一身且不暇，无谋人国之心矣。使之耗其日力，则无瑕以读二帝三王之书，又不读史而不知古今矣。使之缠绵歌泣于床笫之间，耗其壮年之雄才伟略，则思乱之志息，而议论图度，上指天下画地之态益息矣。使之春晨秋夜为奁体词赋、游戏不急之言，以耗其才华，则论议军国臧否政事之文章可以毋作矣。如此则民听壹，国事便，而士类之保全者亦众。”但是，这种约束羁縻的阴鸷之术能不能收到效果呢？他的回答是：“曰：如是则唐宋明岂无豪杰论国是，掣肘国是，而自取戮者乎？曰：有之。人主之术，或售或不售，人主有苦心奇术，足以牢笼千百中材，而不尽售于一二豪杰，此亦霸者之恨也。吁!”这是一篇声讨封建统治的檄文，写得慷慨激昂，令人展卷方诵，血脉已张。了解了当时背景，再来读这篇文章，就不难领会它的迂回曲折笔法所隐寓的深意：说的虽是唐宋明的封建统治者，但也针对了清统治者在内；说的虽仅限于乐籍一事，但也使人一隅反三，由此推断封建统治者是怎样既阴鸷又卑怯地采取禁锢思想的愚民政策。因此它在一定意义上也是一篇寓言。读了这篇寓言后，回过头来再看看他那主张更法的经世致用的文章，什么“与其赠来者以劲改革，孰若自改革”，什么“莫如使民不识知则顺我也”，显得多么迂腐和保守！
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